กรดอะมิโนถูกกำหนดให้เป็น α- เมื่ออะตอมของไนโตรเจนอะมิโนจับกับคาร์บอน α ซึ่งเป็นอะตอมของคาร์บอนที่อยู่ติดกับหมู่คาร์บอกซิเลต มีหลายวิธีในการจำแนก กรดอะมิโน อย่างไรก็ตาม พวกมันมักจะถูกจัดกลุ่มตามขั้วของโซ่ข้างของมัน ดังที่ปรากฎในภาพกราฟิกที่ส่วนหัวของส่วนนี้ กรดอะมิโน 5 ชนิดมีประจุที่ pH เป็นกลาง บ่อยครั้งที่โซ่ด้านข้างเหล่านี้ปรากฏที่พื้นผิวของโปรตีนเพื่อให้สามารถละลายในน้ำได้ และโซ่ด้านข้างที่มีประจุตรงข้ามกันก่อให้เกิดการสัมผัสทางไฟฟ้าสถิตที่สำคัญที่เรียกว่าสะพานเกลือที่รักษาโครงสร้างภายในโปรตีนเดี่ยวหรือระหว่างโปรตีนที่เชื่อมต่อกัน โปรตีนจำนวนมากจับโลหะเข้ากับโครงสร้างของมันโดยเฉพาะ และปฏิสัมพันธ์เหล่านี้มักถูกสื่อกลางโดยโซ่ข้างที่มีประจุ เช่น แอสปาเตต กลูตาเมต และฮิสทิดีน กรดอะมิโนที่มีประจุลบสองตัวที่ค่า pH เป็นกลางคือแอสพาเตต (Asp, D) และกลูตาเมต (Glu, E) กลุ่มคาร์บอกซิเลตประจุลบทำตัวเป็นเบสเบรินสเตดในสถานการณ์ส่วนใหญ่ เอนไซม์ในสภาพแวดล้อมที่มี pH ต่ำมาก เช่น aspartic protease pepsinในกระเพาะอาหารของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม อาจมีสารเร่งปฏิกิริยา aspartate หรือกลูตาเมตตกค้างซึ่งทำหน้าที่เป็นกรด Brønsted