ระบบภูมิคุ้มกันประกอบด้วยเครือข่ายที่ซับซ้อนของส่วนประกอบที่มีมาแต่กำเนิดและที่ปรับเปลี่ยนได้ซึ่งมีความสามารถพิเศษในการปรับตัวและตอบสนองต่อความท้าทายที่หลากหลาย เรียกรวมกันว่าเครือข่ายเซลลูลาร์นี้ทำหน้าที่เป็นตัวควบคุมที่น่าเกรงขามของสภาวะสมดุลของโฮสต์ ซึ่งช่วยให้รักษาและฟื้นฟูการทำงานของเนื้อเยื่อในบริบทของการเผชิญหน้าของจุลินทรีย์และสิ่งแวดล้อม จุลินทรีย์ การพัฒนาแขนที่กำหนดไว้ของระบบภูมิคุ้มกันและโดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันที่ปรับตัวได้นั้นใกล้เคียงกับการได้มาซึ่งไมโครไบโอต้าที่ซับซ้อนซึ่งสนับสนุนแนวคิดที่ว่าเครื่องจักรส่วนใหญ่ได้พัฒนาขึ้นเพื่อรักษาความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับสิ่งเหล่านี้ ชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย ในทางกลับกัน ไมโครไบโอต้าจะส่งเสริมและปรับเทียบทุกด้านของระบบภูมิคุ้มกัน