ในช่วงท้ายของราชวงศ์หมิง กำแพงเมืองจีนช่วยปกป้องอาณาจักรจาก การรุกรานของ แมนจูที่เริ่มขึ้นในราวปี 1600 แม้หลังจากการสูญเสียเหลียวต งทั้งหมด กองทัพหมิงก็ยังยึดด่านซานไห่ ที่มีป้อมปราการแน่นหนา ป้องกันไม่ให้แมนจูพิชิตดินแดนใจกลางของจีน . ในที่สุดชาวแมนจูก็สามารถข้ามกำแพงเมืองจีนมาได้ในปี 1644 หลังจากที่ปักกิ่งได้ล้มราชวงศ์ชุนที่มีอายุสั้นของหลี่ จื้อเฉิงแล้ว ก่อนหน้านี้ พวกแมนจูได้ข้าม กำแพงเมืองจีน หลายครั้งเพื่อบุกโจมตี แต่ครั้งนี้เพื่อพิชิต ประตูที่ช่องเขาซานไห่เปิดเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคมโดยแม่ทัพหมิงอู๋ซานกุ้ยซึ่งเป็นพันธมิตรกับชาวแมนจูโดยหวังจะใช้ชาวแมนจูขับไล่พวกกบฏออกจากปักกิ่ง ชาวแมนจูเข้ายึดกรุงปักกิ่งอย่างรวดเร็ว และในที่สุดก็เอาชนะทั้งราชวงศ์ชุนและการต่อต้านราชวงศ์หมิงที่เหลืออยู่รวมการปกครองของราชวงศ์ชิงเหนือประเทศจีน ทั้งหมด ภายใต้การปกครองของราชวงศ์ชิง พรมแดนของจีนขยายออกไปนอกกำแพง และมองโกเลียถูกผนวกเข้ากับอาณาจักร ดังนั้นการก่อสร้างบนกำแพงจึงถูกยกเลิก ในทางกลับกัน ที่เรียกว่าWillow Palisadeตามแนวที่คล้ายกับกำแพง Ming Liaodong ถูกสร้างขึ้นโดยผู้ปกครองราชวงศ์ชิงในแมนจูเรีย อย่างไรก็ตาม จุดประสงค์ไม่ใช่การป้องกัน แต่เพื่อป้องกันการอพยพของชาวจีนฮั่นเข้าสู่แมนจูเรีย